A Pós-Graduação iniciou no IPH como um Curso de Mestrado em Hidrologia Aplicada, vinculado ao Centro de Hidrologia Aplicada, este criado em meados de 1968 por um projeto de cooperação entre a UFRGS e a UNESCO.
A primeira matrícula da primeira turma ocorreu em 1° de março de 1969, sendo esta considerada a data oficial de início da Pós- Graduação no IPH. A partir de 1979 passa a se chamar de Curso de Pós-Graduação em Engenharia Civil, Área de Concentração em Recursos Hídricos e Saneamento, em função de um recredenciamento que reconheceu a multidisciplinaridade no domínio da água.

Em 1989 foi implantado o Doutorado. O nome, em função de uma consolidação ainda maior nas suas áreas de atuação, já era Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Recursos Hídricos e Saneamento Ambiental.
Em 2000, em função de uma abertura para candidatos de formações profissionais mais diversificadas, o curso adota sua denominação atual de Programa de Pós Graduação em Recursos Hídricos e Saneamento Ambiental.